In freier Natur werden die als bedroht eingestuften Humboldt-Pinguine durch diverse menschliche Einflüsse in ihrem Fortbestand beeinträchtigt. Die Überfischung der Meere hat die Nahrungssituation für die Tiere verschlechtert, die nun entweder nicht genug Futter für die Jungenaufzucht finden oder immer extremere Strecken zurücklegen müssen, um genügend Fische zu fangen. Ebenso ertrinken viele Tiere in den Schleppnetzen oder werden gefangen und als Köderfleisch für den Fischfang verwendet. Durch rücksichtslosen Tourismus werden Brutstätten vernichtet oder die Tiere während der sensiblen Brutphase gestört.