Wie bei anderen Pinguinarten ist das Gefieder der Humboldt-Pinguine auf dem Rücken schwärzlich, am Bauch weiß. Am Bauch haben die Tiere zusätzlich schwarze Punkte, die bei jedem Individuum anders verteilt sind, also einem individuellen Fingerabdruck gleichen.
Während man 1980 den Bestand wildlebender Tiere noch auf etwa 20.000 Individuen schätzte, sind es heute nur noch etwa halb viele.                                In freier Natur werden die als bedroht eingestuften Humboldt-Pinguine durch diverse menschliche Einflüsse in ihrem Fortbestand beeinträchtigt. Umso wichtiger sind intensive Schutzmaßnahmen. Im Rahmen seiner Aktion Naturschutz kooperiert der Magdeburger Zoo mit dem Schutzverein Sphenisco e.V., der sich seit vielen Jahren aktiv für den Erhalt der Humboldt-Pinguine in Chile einsetzt.